Cinétique de Michaelis-Menten

Modélisez la cinétique enzymatique avec l'équation de Michaelis-Menten. Comparez les effets d'inhibition.

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La saturation est asymptotique, et terriblement lente 🖖

La courbe s'approche de Vmax sans jamais l'atteindre, et il vaut la peine d'avoir sous les yeux l'arithmétique de cette lenteur. Puisque v/Vmax = [S]/(Km + [S]), atteindre la demi-vitesse coûte exactement un Km de substrat. Atteindre 90 % en coûte neuf. Atteindre 99 % en coûte quatre-vingt-dix-neuf. Réglez [S] sur Km dans l'outil et lisez 0,5·Vmax ; multipliez [S] par cent et vous n'aurez toujours pas touché le plafond. C'est pourquoi Vmax ne se mesure jamais directement : il se lit sur un ajustement, jamais sur un relevé, et c'est la raison même de la représentation inverse du bloc suivant.

Redresser la courbe pour la lire 🖖

La représentation de Lineweaver-Burk de l'outil réécrit l'équation en 1/v = (Km/Vmax)(1/[S]) + 1/Vmax, transformant la courbe de saturation en une droite. Avant les logiciels d'ajustement, on prolongeait la droite à la règle pour lire directement les constantes : l'ordonnée à l'origine donne 1/Vmax et l'abscisse à l'origine donne -1/Km. Le hic : les points à faible [S], aux inverses énormes, dominent l'ajustement et amplifient l'erreur de mesure.

La même courbe se cache partout 🖖

Cette hyperbole équilatère n'est pas propre aux enzymes. La forme identique apparaît comme isotherme d'adsorption de Langmuir pour des molécules de gaz fixées sur une surface, comme équation de Monod pour la croissance microbienne selon l'apport en nutriments, et comme équation de Hill pour la fixation de l'oxygène sur l'hémoglobine. Tout système où un nombre fixe de sites de liaison se sature progressivement produit cette forme : ajuster Vmax et Km, c'est trouver une capacité maximale et un point de demi-saturation.

Problème entièrement résolu

  1. Une enzyme avec V max = 100 et K m = 5 5 étapes

    Une enzyme avec Vmax = 100 et Km = 5. Montrez ce que mesure réellement Km, puis déterminez quelle quantité de substrat il faut pour passer de 10 % de la vitesse maximale à 90 %.

    1. La loi de vitesse est une courbe de saturation : proportionnelle au substrat lorsqu'il y en a peu, plate lorsqu'il y en a en abondance. Km est le seul paramètre qui détermine l'endroit où se produit la transition.

    2. Posez [S] égal à Km et l'expression se simplifie. Km est la concentration de demi-saturation — pas une vitesse, pas une énergie de liaison, ni une propriété que l'on peut lire sur la partie plate de la courbe.

    3. Inversez la loi de vitesse pour poser la question inverse : quelle concentration donne une fraction choisie de Vmax ?

    4. Dix pour cent nécessite un neuvième de Km ; quatre-vingt-dix pour cent nécessite neuf fois cette valeur.

    5. Ainsi, les 80 % centraux de la courbe s'étendent sur une plage de substrat d'un facteur de quatre-vingt-un.

    Réponse

    L'outil affiche Vmax = 100,00 et Km = 5,00. Le nombre 81 est celui qui importe dans un laboratoire. On s'approche de la saturation si lentement qu'on ne peut pas mesurer Vmax en ajoutant du substrat — atteindre 99 % nécessiterait 99 Km, et l'atteindre exactement prendrait un temps infini — c'est pourquoi Vmax est toujours obtenu par ajustement, jamais par observation. C'est aussi la raison pour laquelle la représentation de Lineweaver–Burk a été inventée et pourquoi elle est aujourd'hui déconseillée : passer aux inverses fait dominer l'ajustement par les points bruyants et entassés des faibles concentrations. Changez le type de graphique et observez quels points s'écartent.

Références (2)

Exemples de problèmes

  • Typique - Vmax 100.00 avec Km 5.00 — et à une concentration de substrat égale au Km, la vitesse vaut exactement la moitié, 50.00.
  • Haute affinité - Une enzyme plus affine : le Km tombe à 0.50, la demi-vitesse arrive donc au dixième du substrat.
  • Inh. compétitive - Un inhibiteur compétitif porte le Km apparent à 13.33 et laisse Vmax intact à 100.00.
  • Inh. non compétitive - L’inhibition non compétitive fait l’inverse : Vmax chute à 37.50 tandis que le Km reste à 5.00.