Problème entièrement résolu
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Une enzyme avec V max = 100 et K m = 5 5 étapes
Une enzyme avec Vmax = 100 et Km = 5. Montrez ce que mesure réellement Km, puis déterminez quelle quantité de substrat il faut pour passer de 10 % de la vitesse maximale à 90 %.
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La loi de vitesse est une courbe de saturation : proportionnelle au substrat lorsqu'il y en a peu, plate lorsqu'il y en a en abondance. Km est le seul paramètre qui détermine l'endroit où se produit la transition.
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Posez [S] égal à Km et l'expression se simplifie. Km est la concentration de demi-saturation — pas une vitesse, pas une énergie de liaison, ni une propriété que l'on peut lire sur la partie plate de la courbe.
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Inversez la loi de vitesse pour poser la question inverse : quelle concentration donne une fraction choisie de Vmax ?
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Dix pour cent nécessite un neuvième de Km ; quatre-vingt-dix pour cent nécessite neuf fois cette valeur.
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Ainsi, les 80 % centraux de la courbe s'étendent sur une plage de substrat d'un facteur de quatre-vingt-un.
Réponse
L'outil affiche Vmax = 100,00 et Km = 5,00. Le nombre 81 est celui qui importe dans un laboratoire. On s'approche de la saturation si lentement qu'on ne peut pas mesurer Vmax en ajoutant du substrat — atteindre 99 % nécessiterait 99 Km, et l'atteindre exactement prendrait un temps infini — c'est pourquoi Vmax est toujours obtenu par ajustement, jamais par observation. C'est aussi la raison pour laquelle la représentation de Lineweaver–Burk a été inventée et pourquoi elle est aujourd'hui déconseillée : passer aux inverses fait dominer l'ajustement par les points bruyants et entassés des faibles concentrations. Changez le type de graphique et observez quels points s'écartent.
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Références (2)
- The 1913 paper, in translation, with the original constant: K. A. Johnson and R. S. Goody, "The Original Michaelis Constant: Translation of the 1913 Michaelis–Menten Paper." Biochemistry 50(39), 8264–8269, 2011.
- Steady-state kinetics, and why V_max is fitted rather than measured: A. Cornish-Bowden, Fundamentals of Enzyme Kinetics, 4th ed., ch. 2–3. Wiley-Blackwell, 2012. ISBN 978-3-527-33074-4.