Cinética de Michaelis-Menten

Modele a cinética enzimática com a equação de Michaelis-Menten. Compare os efeitos da inibição.

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A saturação é assintótica e brutalmente lenta 🖖

A curva se aproxima de Vmax mas nunca chega, e vale a pena ter à frente a aritmética de quão devagar isso acontece. Como v/Vmax = [S]/(Km + [S]), alcançar metade da velocidade custa exatamente um Km de substrato. Chegar a 90% custa nove. Chegar a 99% custa noventa e nove. Coloque [S] igual a Km na ferramenta e leia 0,5·Vmax; multiplique [S] por cem e você ainda não terá tocado o teto. É por isso que Vmax nunca é medido diretamente: ele é lido de um ajuste, nunca de uma leitura, e é justamente a razão pela qual o gráfico recíproco do bloco seguinte foi inventado.

Endireitar a curva para lê-la 🖖

O gráfico de Lineweaver-Burk da ferramenta reescreve a equação como 1/v = (Km/Vmax)(1/[S]) + 1/Vmax, transformando a curva de saturação numa reta. Antes de existir ajuste por computador, isto permitia prolongar a reta com uma régua e ler as constantes diretamente: a interseção com o eixo y dá 1/Vmax e com o eixo x dá -1/Km. O problema: os pontos de [S] baixa, com recíprocos enormes, dominam o ajuste e exageram o erro de medição.

A mesma curva esconde-se em todo o lado 🖖

Esta hipérbole equilátera não é exclusiva das enzimas. A forma idêntica surge como isoterma de adsorção de Langmuir para moléculas de gás que aderem a uma superfície, como equação de Monod para o crescimento microbiano em função do aporte de nutrientes e como equação de Hill para a ligação do oxigénio à hemoglobina. Qualquer sistema com um número fixo de locais de ligação que satura gradualmente produz esta forma: ajustar Vmax e Km é encontrar uma capacidade máxima e um ponto de semissaturação.

Problema resolvido na íntegra

  1. Uma enzima com V max = 100 e K m = 5 5 passos

    Uma enzima com Vmax = 100 e Km = 5. Demonstre o que Km realmente mede e, em seguida, calcule quanto substrato é necessário para passar de 10% para 90% da velocidade máxima.

    1. A lei de velocidade é uma curva de saturação: proporcional ao substrato quando este é pouco, plana quando é abundante. Km é o único fator que determina onde ocorre a transição.

    2. Iguale [S] a Km e a expressão simplifica-se. Km é a concentração de semissaturação — não uma velocidade, não uma energia de ligação, e não uma propriedade que possa ser lida na parte plana da curva.

    3. Inverta a lei de velocidade para fazer a pergunta inversa: que concentração origina uma determinada fração de Vmax?

    4. Dez por cento requer um nono de Km; noventa por cento requer nove vezes esse valor.

    5. Assim, os 80% centrais da curva abrangem uma variação de oitenta e uma vezes no substrato.

    Resposta

    A ferramenta apresenta Vmax = 100,00 e Km = 5,00. O 81 é o número que importa num laboratório. A aproximação à saturação é tão lenta que não se pode medir Vmax adicionando mais substrato — atingir 99% exigiria 99 Km, e atingi-la exatamente exige o infinito — razão pela qual Vmax é sempre obtida por ajuste, nunca por observação. É também por isso que o gráfico de Lineweaver–Burk foi inventado e por que razão é agora desaconselhado: calcular os inversos faz com que os pontos de baixa concentração, acumulados e ruidosos, dominem o ajuste. Altere o tipo de gráfico e observe quais os pontos que se dispersam.

Referências (2)

Problemas de exemplo

  • Típico - Vmax 100.00 com Km 5.00 — e a uma concentração de substrato igual ao Km a velocidade é exatamente metade, 50.00.
  • Alta afinidade - Uma enzima mais afim: o Km cai para 0.50, pelo que a velocidade semimáxima chega com um décimo do substrato.
  • Inib. competitiva - Um inibidor competitivo eleva o Km aparente para 13.33 e deixa a Vmax intacta em 100.00.
  • Inib. não competitiva - A inibição não competitiva faz o inverso — a Vmax cai para 37.50 e o Km fica em 5.00.