Calculadora de reloj molecular

La hipótesis del reloj molecular establece que las secuencias de ADN y proteínas evolucionan a una tasa relativamente constante a lo largo del tiempo. Esto permite medir el tiempo transcurrido desde un ancestro común: T = d / (2 * r), donde d es la distancia genética y r es la tasa de mutación, asumiendo una acumulación constante de mutaciones neutras.

Contar solo las diferencias entre dos secuencias subestima cuánta evolución ocurrió en realidad. Con el tiempo, un mismo sitio puede mutar más de una vez, o incluso revertir a su base original: cambios que no dejan rastro visible. La corrección de Jukes-Cantor, d = −(3/4)·ln(1 − (4/3)p), convierte la fracción observada de sitios distintos p en el número real de sustituciones por sitio d. Con p pequeño ambos casi coinciden; se separan bruscamente cuanto más difieren las secuencias.

Dos secuencias de ADN sin ningún parentesco no difieren en todos los sitios: con solo cuatro bases (A, T, C, G) coinciden en aproximadamente uno de cada cuatro sitios por puro azar. Por eso la diferencia observada p llega como máximo a cerca de 0,75, no a 1,0. La distancia de Jukes-Cantor tiende a infinito cuando p se acerca a 3/4: pasada esta pared de saturación, se acumulan tantos impactos múltiples que la señal se borra y un mismo p podría corresponder a casi cualquier tiempo de divergencia.