Molekulaarse kella kalkulaator

Molekulaarse kella hüpotees väidab, et DNA ja valkude järjestused evolutsioneeruvad aja jooksul suhteliselt konstantse kiirusega. See võimaldab mõõta aega ühisest esivanemast lahknemise hetkest: T = d / (2 * r), kus d on geneetiline kaugus ja r on mutatsioonikiirus, eeldades neutraalsete mutatsioonide pidevat kogunemist.

Kahe järjestuse erinevuste lihtne loendamine alahindab, kui palju evolutsiooni tegelikult toimus. Aja jooksul võib üks positsioon muteeruda mitu korda või isegi algse aluse juurde tagasi pöörduda — muutused, mis ei jäta nähtavat jälge. Jukes-Cantori parandus, d = −(3/4)·ln(1 − (4/3)p), teisendab erinevate positsioonide vaadeldud osakaalu p tegelikuks substitutsioonide arvuks positsiooni kohta d. Väikese p korral on need peaaegu võrdsed; mida erinevamad on järjestused, seda enam nad lahknevad.

Kaks täiesti mitteseotud DNA järjestust ei erine igas positsioonis — kõigest nelja alusega (A, T, C, G) kattuvad nad puhtjuhuslikult umbes igas neljandas positsioonis. Seetõttu tõuseb vaadeldud erinevus p kõige rohkem umbes väärtuseni 0,75, mitte 1,0. Jukes-Cantori kaugus läheneb lõpmatusele, kui p läheneb väärtusele 3/4: pärast seda küllastuspiiri koguneb nii palju korduvaid tabamusi, et signaal kustub ja üks p võib vastata peaaegu ükskõik millisele lahknemisajale.