DNA koodonite tõlkija
Sisesta DNA järjestus, et näha selle RNA koodoneid, aminohapetesse tõlget ning GC-sisaldust.
Koodi degenereerumine ja päritolu 🖖
Geneetiline kood on maise elu universaalne keel, mis seab 64 võimalikku kolmetähelist koodonikombinatsiooni vastavusse 20 aminohappega. Kuna koodoneid on rohkem kui aminohappeid, on kood degenereerunud (ülearune). Enamiku aminohappeid määrab mitu koodonit, mis tavaliselt erinevad vaid oma kolmanda aluse poolest. See nähtus, mida tuntakse 'wobble' ehk läbipaindepaaristumisena, toimib kriitilise bioloogilise puhvrina: paljud ühepuntktilised mutatsioonid DNA järjestuses ei muuda tulemustena saadavat aminohappejärjestust, kaitstes organisme kahjulike geneetiliste muutuste eest.
Elu lugemine kolme tähe kaupa 🖖
Rakk loeb DNA-d kattumatute kolme aluse rühmadena, mida nimetatakse koodoniteks. Translatsioon algab stardikoodonist ATG (mis kodeerib ka metioniini) ja kulgeb koodon koodoni haaval, kuni jõuab stoppsignaalini — TAA, TAG või TGA. See tööriist jagab su järjestuse nendeks triplettideks ja näitab, millise aminohappe iga koodon määrab. Peamine mõte: lugemise alguskoht loeb — nihuta seda vaid ühe aluse võrra ja iga järgnev koodon muutub, andes hoopis teistsuguse valgu.
'Universaalsel' koodil on murded 🖖
Geneetiline kood on peaaegu universaalne, kuid mitte päris. Sinu enda mitokondrid loevad seda teisiti kui ülejäänud rakud: TGA, tavaliselt stoppsignaal, loetakse trüptofaaniks, ATA saab isoleutsiini asemel metioniiniks ja AGA/AGG muutuvad arginiinist stopiks. Mõned ainuraksed ripsloomad määravad stoppkoodonid isegi ümber glutamiiniks. Nii võib sama triplett tähendada eri asju sõltuvalt sellest, milline genoom seda loeb.
Näiteülesanded
- Start-koodon - ATG start → Lys-Arg-Phe-Ala-Stop
- GC-rikas - GC-rikas järjestus: kõrge termiline stabiilsus
- Avatud lugemisraam - Avatud lugemisraam sisemise Met-iga
- Mutatsioonianalüüs - Nukleotiidi asenduse tõenäosuse analüüs