Échelle du calcul par ADN

L’ADN peut tester de nombreuses routes en parallèle, mais n! candidats exigent toujours n! molécules.

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Le parallélisme n’annule pas la complexité 🖖

L’expérience d’Adleman a prouvé que des réactions moléculaires peuvent filtrer des chemins candidats. Elle n’a pas supprimé la croissance factorielle. Une molécule par route transforme simplement le temps de calcul en matière : nombre de brins et masse croissent toujours comme n!.

Aucun codage ne vaut une ville 🖖

Multipliez par dix les bases par ville et la masse nécessaire est multipliée par dix exactement — et le point où elle dépasse la masse de la Terre ne bouge pas du tout : 39 villes à 20 bases, 39 à 200. Même une impossible base unique par ville ne le pousse qu’à 40. Le codage est un facteur constant. n! ne l’est pas.

Chaque ville supplémentaire coûte plus que la précédente 🖖

Ajouter une ville multiplie le besoin par (n+1)²/n : les nouvelles permutations, et pour chacune d’elles un brin plus long. Cela fait 22× à vingt villes, 32× à trente et 41× en passant de trente-neuf à quarante. Un gramme couvre 21 villes et une tonne en couvre 25 : quatre villes de plus pour un facteur un million.

Problème entièrement résolu

  1. La tournée de 20 villes qui tient dans un demi-gramme, et celle de 39 villes qui ne tient pas sur Terre 6 étapes

    Une tournée du voyageur de commerce de 20 villes est codée à la manière d'Adleman : un brin d'ADN par parcours candidat, 20 nucléotides par ville. Calculez la masse d'ADN de la bibliothèque. Ajoutez ensuite des villes jusqu'à ce que cela devienne impossible, et indiquez quelle est réellement la limite.

    1. Comptons d'abord les candidats. La ville de départ étant fixée, une tournée est un ordonnancement des villes restantes, il y en a donc 20!. Cela fait 2 432 902 008 176 640 000 — disons 2,43 × 10¹⁸.

    2. Pesons maintenant un candidat. Chacune des 20 villes apporte 20 nucléotides, un brin mesure donc 400 nt de long, et l'ADN simple brin pèse environ 330 g par mole de nucléotide.

    3. Une mole compte le nombre d'Avogadro de brins, on divise donc par ce nombre pour obtenir la masse d'une seule molécule : 400 × 330 ÷ 6,022 × 10²³, ce qui donne 2,19 × 10⁻¹⁹ g.

    4. Multiplions les deux. 2,43 × 10¹⁸ brins à 2,19 × 10⁻¹⁹ g chacun représentent 0,533 g — un demi-gramme dans un tube à essai, et c'est ce chiffre qui donne l'impression que le calcul par ADN fonctionne.

    5. Ajoutons une ville. Le nombre de candidats est multiplié par 21 et le brin passe à 420 nt, la masse est donc multipliée par 21 × (420/400) = 22,05, ce qui donne 11,8 g. La ville supplémentaire a coûté vingt-deux fois toute la bibliothèque précédente.

    6. En continuant, le multiplicateur lui-même augmente, car il vaut (n+1) × (1 + 1/n). À 38 villes, la bibliothèque pèse 2,18 × 10²⁶ g, soit 3,65 % de la Terre. À 39, elle pèse 8,72 × 10²⁷ g, et la Terre pèse 5,97 × 10²⁷.

    Réponse

    Un demi-gramme pour 20 villes, et 1,46 Terres pour 39. Le passage de 38 à 39 correspond à un facteur de 40,0, et fait passer l'exigence d'un vingt-septième de la planète à une fois et demie la planète — pour une seule ville. C'est là tout l'argument contre la force brute moléculaire, et remarquez ce qu'il n'est pas : ce n'est pas que l'ADN est lent, ni que la chimie manque de fiabilité, ni que nous ne pouvons pas fabriquer les brins. Chacun de ces points pourrait être résolu. Ce qui ne peut pas l'être, c'est que n! molécules pèsent n! molécules. Le parallélisme massif divise le TEMPS par le nombre de processeurs et laisse le nombre de processeurs exactement là où il était ; ainsi, un problème qui nécessite plus de processeurs qu'il n'y a d'atomes disponibles n'attend pas des progrès d'ingénierie. L'outil trace la courbe de masse par rapport à la ligne de la Terre ; ce qu'il ne peut pas tracer, c'est la croissance de ce multiplicateur, car il affiche une masse et jamais un rapport.

Parcours

Calculer avec des molécules

Mène à Le paradoxe de Levinthal pourquoi ajouter des molécules cesse d’aider.

Références (2)

Exemples de problèmes

  • Adleman : 7 sommets - Les sept villes d’Adleman demandent 3,87 × 10⁻¹⁶ g d’ADN. Le difficile était le filtrage, pas la matière.
  • Seuil d’un gramme - À vingt et une villes, un brin par route dépasse pour la première fois le gramme : 1,18 × 10¹ g.
  • Seuil d’un kilogramme - Deux villes de plus et le gramme est devenu 6,52 × 10³ g — un facteur 550 pour deux villes.
  • Seuil de la masse terrestre - Trente-neuf villes : 8,72 × 10²⁷ g, plus lourd que la Terre.