Fausses découvertes

Chaque case représente une hypothèse testée dans une discipline ; un point indique qu'elle est vraie. Réglez la part d'hypothèses vraies, la puissance de chaque étude et le biais introduit, puis observez le déroulement pas à pas : lancer les études, laisser entrer le biais, publier les résultats significatifs et répliquer toutes les études parues.

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Leçon

La théorie — Fausses découvertes

La valeur prédictive positive (PPV) des résultats d'une discipline désigne la part de ses résultats statistiquement significatifs qui sont réels. Si une proportion π des hypothèses testées est vraie, que chaque étude a une puissance P au seuil de signification α, et qu'une part u des analyses sans effet est malgré tout publiée comme positive, les hypothèses vraies aboutissent à une découverte avec la probabilité P + u(1 − P) et les fausses avec la probabilité α + u(1 − α), d'où PPV = π[P + u(1 − P)] / (π[P + u(1 − P)] + (1 − π)[α + u(1 − α)]). C'est la formule établie par John Ioannidis en 2005, formulée ici avec π à la place de la cote R = π/(1 − π). Une réplication intègre menée à la même puissance confirme une fraction PPV·P + (1 − PPV)·α des résultats publiés.

Ce que signifie chaque symbole

π
la part des hypothèses testées par une discipline qui sont vraies
P
la puissance de chaque étude, 1 − β : la probabilité qu'elle détecte un effet réel
α
le seuil de signification, 0,05 : la probabilité qu'une étude d'une hypothèse fausse atteigne p < 0,05
u
le biais : la part des analyses sans effet qui sont tout de même publiées comme positives
PPV
la part des découvertes de la discipline qui sont réelles
Suppose
Toutes les études d'une même discipline possèdent la même puissance ; chaque hypothèse est testée une seule fois avant publication ; le biais n'agit que sur les résultats sans effet ; toute découverte, et seulement les découvertes, est publiée ; une réplication consiste en la même étude reconduite avec la même puissance et sans biais. La découverte n'a ici ni amplitude ni direction : l'ampleur avec laquelle une étude significative surestime son effet relève de la malédiction du vainqueur, examinée à l'étape précédente.

Un résultat p < 0,05 perd de sa valeur dans une étude peu puissante 🖖

Cliquez sur Puissance 80 %. Une hypothèse sur dix est vraie et personne ne déforme les analyses : un résultat repose sur p < 0,05, rien d'autre. Pour 1 000 hypothèses, la discipline rapporte 80 vrais résultats et 45 faux : 64,0 % de ce qu'elle publie est authentique. Passez maintenant à Puissance 20 %. Les faux résultats restent bloqués à 45, parce qu'ils sont issus des 900 hypothèses fausses au seuil α = 5 % et que la puissance ne les affecte jamais ; dans ce tirage, ce sont exactement les mêmes 48 cases sans point, aux mêmes endroits. En revanche, les vrais résultats tombent à 20, et la part d'effets réels s'affaisse à 30,8 %. On décrit souvent le manque de puissance comme la perte du chercheur, qui laisse échapper de vrais effets. Mais le lecteur y perd tout autant : un résultat significatif tiré d'une étude faible a passé la même barre officielle, et pourtant il vaut bien moins, car une fraction plus réduite des résultats qui la franchissent correspondent à la réalité. John Ioannidis formulait cette règle dès 2005 : une découverte a plus de chances d'être vraie que fausse lorsque (1 − β)R > α, où 1 − β est la puissance et R la cote qu'une hypothèse testée soit vraie. À une sur dix, R = 1/9, et la puissance doit nécessairement dépasser 45 %.

La puissance ne compense pas le biais 🖖

Cliquez sur Biais de 10 %. Les études sont aussi solides qu'auparavant, à 80 % de puissance, mais une analyse infructueuse sur dix est tout de même publiée comme positive : un autre critère d'évaluation, un sous-groupe ou une donnée gênante mise de côté. Ioannidis note cette part u. Elle n'aide guère les hypothèses vraies, qui étaient presque toujours détectées (80 % devient 82 %). Elle frappe en revanche de plein fouet les fausses hypothèses, qu'une démarche intègre écarte 95 % du temps : 10 % de ces 95 % font 9,5 points supplémentaires. Une hypothèse fausse se transforme alors en découverte dans 14,5 % des cas, soit près de trois fois plus souvent. La part de résultats réels dégringole de 64,0 % à 38,6 %, et la ligne du tableau située en dessous en donne l'équivalent : une discipline honnête atteint ces mêmes 38,6 % avec des études à 28,3 % de puissance. Poussez la puissance à 99 %, la discipline biaisée se hisse péniblement à 43,2 % ; la ligne à 100 % de puissance affiche 43,4 %, et aucune étude ne peut aller plus loin. Cliquez à présent sur Sans biais, 35 % : vous lisez 43,8 %. Une discipline intègre menée à 35 % de puissance publie des résultats aussi sûrs qu'une étude parfaite confrontée à un biais u = 10 %. Le point d'intersection, α/(α + u(1 − α)) = 34,5 %, est totalement indépendant de π : déplacez le premier curseur, il ne bouge pas.

Une découverte vraie peut échouer à la réplication, et c'est fréquent 🖖

Cliquez sur Puissance 80 %, puis sur Recommencer, et avancez pas à pas jusqu'à la dernière étape, où chaque résultat publié est réévalué honnêtement et à la même puissance. Une hypothèse vraie se confirme 80 % du temps et une fausse 5 % du temps, si bien que 53,0 % des résultats publiés sont répliqués ; dans ce tirage, 69 sur 129. Comptez les croix posées sur un point : 12 des 60 échecs étaient pourtant des hypothèses vraies, la proportion théorique exacte étant de 27,2 %. Nul n'a triché et ces études n'avaient aucun défaut : à 80 % de puissance, un effet réel sur cinq échappe à la détection, la seconde fois exactement comme la première. Le taux de réplication ne saurait donc se lire comme la part de vérité d'une discipline. Il ne peut jamais surpasser la puissance des réplications elles-mêmes, puisque chaque découverte vraie réapparaît à ce taux et chaque fausse au niveau α, qui ne lui est jamais supérieur. Une discipline dont les réplications tourneraient à 50 % de puissance verrait la moitié de ses résultats échouer même si chacun d'entre eux était vrai. Cliquez sur Biais de 10 % : les mêmes réplications intègres n'en sauvent plus que 33,9 %, car une part accrue de ce qu'on leur demande de confirmer n'a jamais existé.

Problème entièrement résolu

  1. Ce que p = 0,04 promet à l'étude suivante 4 étapes

    Une étude rapporte p = 0,04, en test bilatéral. Supposons que l'effet réel soit rigoureusement celui qu'elle a mesuré. Pour une réplication identique, de même protocole et de même taille d'échantillon : quelle est la probabilité d'atteindre p < 0,05 dans le même sens ? Introduisez ensuite cette puissance dans l'outil, avec une hypothèse sur dix vraie et aucun biais, pour lire quelle proportion des découvertes d'une telle discipline est réelle et combien sont répliquées.

    Ouvrez ce problème dans l'outil

    1. Convertissons la valeur p en la valeur z dont elle provient. Le test est bilatéral, chaque queue de distribution contient donc 0,02, et le seuil p < 0,05 correspond au point laissant 0,025 au-dessus de lui :

    2. Si l'effet réel est celui observé, la variable z de la réplication suit une loi normale d'espérance 2,054 et d'écart-type 1. Elle est concluante lorsqu'elle dépasse 1,960 :

    3. Tomber en dessous de −1,960 donnerait un résultat significatif en sens inverse, ce qui ne constitue pas une réplication, et reste de toute façon négligeable :

    4. Cliquez sur Discipline à p = 0,04 : 54 % de puissance (le curseur se déplace d'entier en entier), une hypothèse sur dix vraie, aucun biais.

    Réponse

    53,7 %, à peine plus qu'un tirage à pile ou face ; avec p = 0,05, la même démarche donnerait exactement 50 %. Et il s'agit du cas le plus favorable : la malédiction du vainqueur, vue à l'étape précédente, rappelle qu'une étude significative surestime le plus souvent son effet, de sorte que la puissance réelle de la réplication est encore plus basse. Dans une discipline dont les études opèrent à 54 % de puissance, 54,5 % des découvertes sont réelles et 31,7 % sont répliquées. Pour qu'une réplication identique réussisse quatre fois sur cinq sous la même hypothèse, l'étude originale devrait afficher p = 0,005, ce qui donne 80,2 %.

Parcours

Ce que p < 0,05 ne promet pas

Références (1)
  • The page's model and formula: the positive predictive value of a claimed finding from power, the pre-study odds R and the bias u (Tables 1 and 2), the condition that a finding is more likely true than false when (1 − β)R > α, which the first insight quotes, the definition of u the second insight paraphrases, and Table 4, whose first row is the 'Ioannidis's trial' preset and all nine of whose rows check:compute reproduces: J. P. A. Ioannidis, "Why Most Published Research Findings Are False," PLoS Medicine 2(8): e124, 2005.