Leçon
La théorie — Fausses découvertes
La valeur prédictive positive (PPV) des résultats d'une discipline désigne la part de ses résultats statistiquement significatifs qui sont réels. Si une proportion π des hypothèses testées est vraie, que chaque étude a une puissance P au seuil de signification α, et qu'une part u des analyses sans effet est malgré tout publiée comme positive, les hypothèses vraies aboutissent à une découverte avec la probabilité P + u(1 − P) et les fausses avec la probabilité α + u(1 − α), d'où PPV = π[P + u(1 − P)] / (π[P + u(1 − P)] + (1 − π)[α + u(1 − α)]). C'est la formule établie par John Ioannidis en 2005, formulée ici avec π à la place de la cote R = π/(1 − π). Une réplication intègre menée à la même puissance confirme une fraction PPV·P + (1 − PPV)·α des résultats publiés.
Ce que signifie chaque symbole
π- la part des hypothèses testées par une discipline qui sont vraies
P- la puissance de chaque étude, 1 − β : la probabilité qu'elle détecte un effet réel
α- le seuil de signification, 0,05 : la probabilité qu'une étude d'une hypothèse fausse atteigne p < 0,05
u- le biais : la part des analyses sans effet qui sont tout de même publiées comme positives
PPV- la part des découvertes de la discipline qui sont réelles
- Suppose
- Toutes les études d'une même discipline possèdent la même puissance ; chaque hypothèse est testée une seule fois avant publication ; le biais n'agit que sur les résultats sans effet ; toute découverte, et seulement les découvertes, est publiée ; une réplication consiste en la même étude reconduite avec la même puissance et sans biais. La découverte n'a ici ni amplitude ni direction : l'ampleur avec laquelle une étude significative surestime son effet relève de la malédiction du vainqueur, examinée à l'étape précédente.
Problème entièrement résolu
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Ce que p = 0,04 promet à l'étude suivante 4 étapes
Une étude rapporte p = 0,04, en test bilatéral. Supposons que l'effet réel soit rigoureusement celui qu'elle a mesuré. Pour une réplication identique, de même protocole et de même taille d'échantillon : quelle est la probabilité d'atteindre p < 0,05 dans le même sens ? Introduisez ensuite cette puissance dans l'outil, avec une hypothèse sur dix vraie et aucun biais, pour lire quelle proportion des découvertes d'une telle discipline est réelle et combien sont répliquées.
Ouvrez ce problème dans l'outil
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Convertissons la valeur p en la valeur z dont elle provient. Le test est bilatéral, chaque queue de distribution contient donc 0,02, et le seuil p < 0,05 correspond au point laissant 0,025 au-dessus de lui :
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Si l'effet réel est celui observé, la variable z de la réplication suit une loi normale d'espérance 2,054 et d'écart-type 1. Elle est concluante lorsqu'elle dépasse 1,960 :
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Tomber en dessous de −1,960 donnerait un résultat significatif en sens inverse, ce qui ne constitue pas une réplication, et reste de toute façon négligeable :
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Cliquez sur Discipline à p = 0,04 : 54 % de puissance (le curseur se déplace d'entier en entier), une hypothèse sur dix vraie, aucun biais.
Réponse
53,7 %, à peine plus qu'un tirage à pile ou face ; avec p = 0,05, la même démarche donnerait exactement 50 %. Et il s'agit du cas le plus favorable : la malédiction du vainqueur, vue à l'étape précédente, rappelle qu'une étude significative surestime le plus souvent son effet, de sorte que la puissance réelle de la réplication est encore plus basse. Dans une discipline dont les études opèrent à 54 % de puissance, 54,5 % des découvertes sont réelles et 31,7 % sont répliquées. Pour qu'une réplication identique réussisse quatre fois sur cinq sous la même hypothèse, l'étude originale devrait afficher p = 0,005, ce qui donne 80,2 %.
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Parcours
Ce que p < 0,05 ne promet pas
Références (1)
- The page's model and formula: the positive predictive value of a claimed finding from power, the pre-study odds R and the bias u (Tables 1 and 2), the condition that a finding is more likely true than false when (1 − β)R > α, which the first insight quotes, the definition of u the second insight paraphrases, and Table 4, whose first row is the 'Ioannidis's trial' preset and all nine of whose rows check:compute reproduces: J. P. A. Ioannidis, "Why Most Published Research Findings Are False," PLoS Medicine 2(8): e124, 2005.